白頰獼猴：國家二級保護動物，屬林芝特有，是2015年科研人員在墨脫發現的靈長類新物種。國家林草局最新公布的《中國國家重點保護野生動物名錄》首次將其列入國家二級重點保護野生動物。

　　戴帽葉猴：國家一級保護動物，主要分布在墨脫縣，是西藏第二次陸生野生動物資源調查時在林芝發現的野生動物新分布記錄。

　　云豹：國家一級保護動物，是貓科云豹屬野生動物，因皮毛上像云朵一樣的花紋而得名。主要分布在熱帶、亞熱帶常綠林區，非常善于攀爬，是樹棲性很強的獸類。

　　金貓：國家一級保護動物，是一種中型的林棲貓科動物，毛色隨區域環境的變化較大，根據其斑紋特征可分為紅棕色型、灰色型、麻褐色型、花斑型和黑色型五大類，林芝市察隅縣、墨脫縣均有分布。

　　豺：國家一級保護動物，又叫“豺狗”“紅狼”，體形小于狼，吻較狼短而頭較寬，耳短而圓，四肢較短，尾巴尖黑色。豺既能抗寒，也能耐熱，屬群居性，集體獵食，在林芝市分布于墨脫等地。

　　喜馬拉雅鬣羚 ：國家一級保護動物，是我國分布的四種鬣羚之一，被稱為“四不像”。常活動于亞熱帶山地及暖溫帶地區的森林中，單獨或成小群生活，可以靈活地在陡峭的山巖上攀爬，林芝市主要分布在墨脫等地。

　　貢山羚牛：國家一級保護動物，隸屬偶蹄目牛科，雌雄均擁有一對由上又后轉向外的角，所以又被稱作扭角羚。體型壯碩，喜歡群居，常活動于海拔1200米至4500米之間，隨季節變化而垂直遷移，林芝市察隅、墨脫等地有分布。

　　馬麝：國家一級保護動物，又稱為“黃獐子”，雄性有月牙狀上犬齒，雌雄均不長角。棲息地海拔3000米至5200米，活動于林線上緣的高山杜鵑叢和長有高山柳、金露梅等的灌叢中，常單獨活動，林芝市大部分地區都有分布。

　　黃喉貂：國家二級保護動物，因前胸部有明顯的黃橙色喉斑而得名，以肉食為主，性情兇狠，單獨或數只集群獵捕中小型偶蹄類，常活動于常綠闊葉林和針闊葉混交林區，林芝市大部分地區都有分布。

　　黑鷴：國家二級保護動物，又名“黑雞”，中型鳥類，雄鳥頭頂有黑色羽冠，臉部裸皮呈紅色。多棲息于海拔2100米至3500米的闊葉林及灌叢中，集群活動，林芝市墨脫、察隅、波密等地都有分布。