錯那宗的兩名宗本對五世達賴非常忠誠，也不知道五世達賴已圓寂，更不知布達拉宮的用意，認為倉央嘉措口出狂言就是妖孽。錯那宗兩宗本當時接受倉央嘉措舅父那宗的賄賂，不僅對倉央嘉措給予以應有的接待，反而嚴加拘禁，使其家人陷入極度的恐懼與困境中。

　　錯那宗兩宗本將倉央嘉措及家人關在一個屋里，整個屋就八柱面積。拉薩要求保證他們的安全，防止有人陷害，便派獄卒守起來。平時將窗戶堵起來，連飯都是從房屋跑煙的煙囪里吊下去。獄卒晚上在門口拴條狗，防止有人挖地道偷襲。若遇上廁所，就將他及家人放出來。當時正是冬天，滴水成冰，不給熱的茶飯，僅給點青稞、糌粑面，過著非人的囚徒生活。倉央嘉措在房間里，依舊弄些泥土做宗教用品。

　　尋訪轉世靈童的兩位活佛回到拉薩后，已是1686年藏歷2月。他們找到了上百個兒童，奇異兒童達20多個，認為錯那最有可能找到五世達賴轉世靈童，最大可能是一個叫第巴o熱巴的兒子，很多人都認為他是轉世靈童。

　　1686 年藏歷4 月10 日，第巴o桑杰嘉措再次派曲杰卡熱巴o斯南多吉、多巴o索朗堅贊等人帶上供辨認的真假物品、充足的衣物用具、若干加持物、凈水、茯茶以及“吉祥日哈達”作為布達拉宮的公文標志，再次前去錯那認定轉世靈童。他們從拉薩出發，5月5日到達錯那宗城，倉央嘉措及家人被關在一間黑屋里，過著非人一般的生活長達半年之久。宗本前來向兩位活佛獻禮，當即被訓斥：“你們獻個屁禮，從明天開始，將他們從房屋搬出來，消消毒，掃晦氣。”

　　曲杰卡熱巴o斯南多吉、多巴o索朗堅贊兩人到達錯那宗后，在居室內進行了一系列佛事活動上供下施，對護法神唐堅嘉措舉行恕衍請百度愿儀式。然后讓靈童就座，進行潔身，把加持物放入口中。靈童坐姿端莊凝重，并露出興奮的情態。曲杰和多巴二人說:“我倆是你的仆人，你想著誰，就坐到誰的懷抱里去吧!”靈童毫不遲疑地坐到了曲杰卡熱巴o斯南多吉的懷中。宗本甲亞巴拿出兩幅畫有宗喀巴大師和殊勝尊者五世達賴肖像的唐卡，問道:“你認識這個嗎?”靈童看著五世達賴的唐卡，指著自己的鼻子說：“我!”他還辨認出五世達賴用過的鎮邪橛，拿到手上說:“這是我的!”倉央嘉措尋思了一會兒又說:“我的鎮邪橛比這小，這個卻大?！?/p>

　　翌日，潔身完畢，拿出蓮花生大師三人雕像(蓮花生作為密教祖師，其雕像一般是三人，中為蓮花生，左右各有一女人，據說一是他的印度女人，一是他的吐蕃女人) 和精制的嘎瑪巴銀制雕像后，靈童立即將前者置于頭頂，而將后者放在胸下。當拿出乃瓊大神賜給甲亞巴的一把彎刀和一條哈達，問這是誰的，他指向了唐卡上的乃瓊畫像。

　　第三天，將一本《檔阿皮朋》和一本漂亮的木刻經書交給靈童，他看著前者說:“這是我的本子，這在布達拉有的是”。并模仿著封面上的圖紋用手隨意地畫了起來，然后打開，從頭到尾看了一遍。第四天，拿出崇威高德王的冠冕(可能是五世達賴在顧始汗幫助他用武力統一西藏時所戴的象征武功的冠冕) 和班智達的通人冠給他看。他對曲杰說:“通人冠是你的”。之后，他把崇威高德王冠戴到自己的頭上。

　　第五天，出示了一把精巧的小刀和另一把五世達賴用過的舊刀，他拿著舊刀說，“這是我的”。接著高興地取下掛在小刀上面的牙簽、剜耳等用了起來。這時曲杰說:“你把新刀子拿去，舊刀子我用”。他說:“新舊刀子的福力是無法比擬的?！钡谖逄?，出示了一把精巧的小刀和另一把五世達賴用過的舊刀，他拿著舊刀說，“這是我的”。第六天，當他人拿出兩個裝有真言芥子的牛角時，他略一尋思，揀起其中前世用過的一個說:“這是我的?！?/p>

　　第七天，人們拿出兩個茶碗，讓他辨認，他指著其中的一個說:“我的茶碗是這個”。倉央嘉措每次辨認遺物時，他都能準確無誤的辨認出來，而且進餐時，總要先敬神靈，然后才用餐，連同抓糌粑的姿勢也同五世達賴一模一樣，這使得前去辨認的曲杰和多巴等人十分感動。兩位活佛和在場人員當場跪下來，雙肘雙膝著地，百感交集。當即換衣服，在飲食上盡其所能。兩位法王回拉薩向桑杰嘉措稟報，倉央嘉措當時還是一個病人，便對兩個宗本說：“要細心照料靈童，若出什么差錯，我拿你們試問。”

　　從此，倉央嘉措開始與父母分居生活，在錯那縣城外的亞瑪絨村，專門為倉央嘉措建造了宮殿式的樓房，由從拉薩派來的近侍僧等六名專人照管、服侍和陪讀，他人不得接近，就連倉央嘉措的父母也不例外。但是，他們對外稱系是五世達賴喇嘛師傅、夏魯寺堪布﹒索南喬珠的轉世靈童。